En los años 90, luego de un receso, un nuevo grupo de directores retomar la conducción de la corporación dirigiendo su accionar hacia el desarrollo económico local, apoyando iniciativas de elaboración placas de mármol, explotación y propagación trucha arcoíris, empresa artesanal del cuero y una industria jabonera regional de Aysén.  En la misma década, asume un sello más enfocado hacia la sustentabilidad siendo un hito el curso “Calidad de Vida y Desarrollo Sustentable” dictado por Hernán Contreras Manfredi.  Además, organizan diálogos sobre el impacto y avance de la acuicultura y se integra al Comité Ciudadano Aysén Reserva de Vida que le hizo frente al proyecto de aluminio Alumysa.

A partir del 2000, impulsa iniciativas que aportan a la construcción de Aysén como reserva de vida, leit motiv de múltiples organizaciones y habitantes de la región, como Sabores de Aysén, la Escuela de Guías de la Patagonia, el rescate cultural y de la memoria, los encuentros costumbristas de Villa Cerro Castillo con apoyo del Fondo de las Américas, la preparación ambiental de Caleta Tortel para la llegada del Camino, muchas de ellas en conjunto con la filial Aysén de Codeff.

En 2005 inicia junto a otras organizaciones el debate regional sobre energía en Aysén, producto de los intentos de Endesa de construir las represas Baker y Pascua, y posteriormente Energía Austral en el río Cuervo.  La iniciativa se llamó “Por Chile y Aysén… aprendamos de la energía”, financiada por el Estado, que fue uno de los pilares de lo que luego sería la campaña y movimiento Patagonia sin Represas.

CODESA, en estos más de 30 años de trabajo, se ha involucrado a través de sus directores y directoras, además de asociados, en diversos espacios relativos a políticas públicas, como las Estrategias de Desarrollo Regional, las Zonas de Interés Turístico, la Política Regional de Energía, los Consejos de Medio Ambiente, de la Universidad de Aysén o del Centro de Investigación de Ecosistemas de la Patagonia, por mencionar solo algunos.  Además, ha sido parte de diversos procesos nacionales, como la elaboración de la Política Energética al año 2050, el Consejo de Defensa de la Patagonia, la Comisión Asesora Ciudadana Parlamentaria de Energía, el Capítulo Chileno Foro de Participación Ciudadana de la Unión de Naciones Suramericanas (Unasur), la red de la Fundación AVINA, entre otros.

Actualmente, se enfoca en la discusión y acción pública relativa a actividades productivas y modelos de desarrollo, como el turismo, la salmonicultura, energía, minería, abogando por una amplia participación ciudadana y un desarrollo a escala humana, que engloba el modelo Aysén como reserva de vida. Para esto cuenta con financiamiento tanto nacional como internacional.